De Medische Zending wordt gesubsidieerd door het Ministerie van Volksgezondheid. Echter zijn deze middelen niet toereikend om 100% te voorzien in de exploitatie kosten van de organisatie. Daarom is de Medische Zending voor financiering van een deel van haar kosten, zoals voor de aanschaf van instrumentarium, onderhoud van haar poliklinieken etc., afhankelijk van donoren. De financiering wordt op projectmatige basis gezocht.